Για το θάνατό του πληροφορίες μας παρέχει ο γιος του Ανδρέας σε σημείωμά του στο τέλος ενός αυτογράφου του πατέρα του: "Ο μελοποιήσας και ιδιοχείρως γράψας εν τω παρόντι τεύχει εκκλησιαστικά άσματα Ιωάννης Αναγνώστης Κοντόπουλος, γεννηθείς εν Άνω Βόλω το έτος 1858, Δεκεμβρίου 5, απεβίωσε εν Βόλω το έτος 1931, Αυγούστου 5, κηδευθείς εις τον Μητροπολιτικόν Ναόν του Αγίου Νικολάου, προεξάρχοντος της επικηδείου πομπής και ακολουθίας του αοιδήμου Μητροπολίτου Δημητριάδος Γερμανού Μαυρομάτη. Ο μεταστάς μουσικοδιδάσκαλος, στη Βυζαντινή Μουσική ενετάχθη από νεανικής ηλικίας παρά του φημισμένου τότε ιερομονάχου Διονυσίου, εις ην καθ’ όλον του τον βίον και μέχρι τελευταίας του πνοής αφοσιώθηκε μετά ζηλευτής επιμελείας, εις τρόπον ώστε να θεωρείται παρά πάντων των την Βυζαντινήν Μουσικήν ερώντων αναμφισβήτητος αυθεντία... Ανδρέας Κοντόπουλος."

Εκτός από το παραπάνω αυτόγραφο του Αναγνώστη Κοντόπουλου που κατέχει σήμερα ο εγγονός του Δημήτριος, ένας ακόμη βρίσκεται στα χέρια του γράφοντος, αφού πρώτα πέρασε από τα χέρια των Σωτήριου Σχοινά και Χρήστου Τακούδη. Πρόκειται για εξαιρετικά καλαίσθητη Ανθολογία Εσπερινού, Όρθρου, Λειτουργίας και Δοξασταρίου, 384 σελίδων, αποτελούμενη ολόκληρη από προσωπικές μελοποιήσεις του μακαριστού διδασκάλου. Το χειρόγραφο ολοκλήρωσε ο Κοντόπουλος ένα χρόνο πρίν το θάνατό του και το αφιέρωσε στο μαθητή του Σωτήριο Σχοινά, ο οποίος το βιβλιοδέτησε αριστοτεχνικά. Η αφιέρωση έχει ως εξής: "Τω αγαπητώ μοι μαθητη κ. Σωτηρίω Σχοινά, αγάπης ένεκεν δωρούμαι το παρόν πόνημα μου. Ο μελοποιήσας και γράψας. Ιωάννης Αναγνώστης Κοντόπουλος. Εν Βόλω, Μάιος 1930."

(Έρευνα - Κείμενο: Κων. Χ. Καραγκούνης. Τις πληροφορίες μας παραχώρησε ο εγγονός του μουσικοδιδασκάλου, ο κ. Δημήτριος Ανδρ. Κοντόπουλος, σε συνέντευξη της 31η Αυγούστου 1995 στο σπίτι του στο Βόλο. Για τον Κοντόπουλο μνεία γίνεται και σε λήμμα του ΙΑ΄ τόμου του Εγκυκλοπαιδικού Λεξικού "ΗΛΙΟΣ".)